Pro Call und Forschungsprofilbereich werden durch die Arbeitsgruppe "Wilhelm-Roux-Programm des Forschungsausschusses" drei bis vier Gutachter nach der Veröffentlichung der Calls ausgesucht. Die Gutachtervorschläge werden im Forschungsausschuss vorgestellt und durch die Arbeitsgruppe beschlossen. Nach der Deadline und einer internen Sichtung der Projekte durch die Arbeitsgruppe werden die Anträge an die Gutachter verschickt. Die Gutachter eines Calls erhalten dabei alle im jeweiligen Call eingereichten Projekte. Die Festlegung der Förderentscheidung erfolgt durch die Arbeitsgruppe nach Sichtung der externen Gutachten (analog DFG-Verfahren bei SFB-Begutachtungen).